请假扣除周六周日工资不合法。依据《中华人民共和国劳动法》，公司不能通过请假来抵扣周末加班费，加班应得合理报酬。若违法操作，将损害员工合法权益，影响员工工作积极性及企业声誉。
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请假扣周末工资违法。应对方式：1. 与公司沟通，明确表达不满，要求纠正；2. 收集证据，如工资条、请假记录等；3. 向劳动监察大队投诉，请求调查处理；4. 必要时申请劳动仲裁，维护自身权益。
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处理此类问题，常见方式有协商、投诉、仲裁。首先尝试与公司协商；协商无果可向劳动监察部门投诉；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据仲裁结果维权。