合作协议受法律保护，具有法律效力。依据《合同法》等，协议明确权责，制约双方，预防纠纷。未及时处理违约，可能导致权益受损，合作破裂。
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合作协议纠纷常见处理方式为协商、调解、仲裁或诉讼。根据具体情况选择，协商不成可寻求调解，仍无法解决则考虑仲裁或诉讼途径。
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合作协议受法律保护。处理方式：1.协商，双方直接沟通解决分歧；2.调解，请第三方介入调和；3.仲裁，提交仲裁机构裁决；4.诉讼，向法院起诉维护权益。根据纠纷性质、双方意愿及实际情况选择适合方式。