关于公司扣工资是否合法的问题，具体情况需要具体分析。如果公司因为某些正当理由扣减员工工资，如代缴个税、社保等合法支出，那么这种行为是合法的。但如果公司无故扣减工资，则违反了相关法律规定，属于违法行为。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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针对公司扣工资的情况，员工可以采取多种途径来维护自己的合法权益。首先，可以尝试与用人单位进行协商，寻求双方的和解。如果协商无果，可以向劳动行政部门投诉，寻求行政力量的介入。此外，员工还可以选择提起劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。
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公司扣工资是否合法要根据具体情况来判断。如果是合法扣减，如代缴税费等，则公司行为合法；如果是无故扣减，则属于违法行为。员工可以采取协商、投诉或仲裁等方式来维护自身权益。在处理过程中，建议根据实际情况选择合适的方式。